Фармакопея | pharmacopeia.ru | Том 2

% агарозы 0,3

0,5

0,6

0,7

0,8

0,9

1,0

1,2

1,5

2,0

Размер ДНК
[kbp]

5-60 1-30 1-20 0,8-12 0,6-10 0,5-8 0,5-7 0,4-6 0,2-3 0,1-2

[kbp] – 1000 пар оснований ДНК

Нижний предел размеров ДНК определяется в основном диффузией

полосы в геле. В гелях с низкой концентрацией агарозы фрагменты ДНК
небольших размеров разделяются, но четкость разделения полос невысокая.

Верхний предел размеров ДНК находится в прямой зависимости от

напряженности электрического поля, при которой проводится электрофорез.
Чем меньше напряженность поля, тем более эффективно можно разделить
длинные молекулы ДНК с большей молекулярной массой.

Разделение одноцепочечных ДНК

В процессе разделения в 1% агарозном геле одноцепочечная ДНК в

электрическом поле движется быстрее (примерно на 10 %), чем двухцепочечная
ДНК того же размера. Однако, одноцепочечная ДНК окрашивается бромистым
этидием  заметно  слабее,  чем  двухцепочечная  (примерно  в  4-5 раз).  В  связи  с
этим,  для  получения  окраски  полос  одинаковой  интенсивности,  необходимо
использовать  примерно  в  5  раз  большее  количество  образца  одноцепочечной
ДНК.

Для разделения цепей ДНК нужно непосредственно перед

электрофорезом прогреть испытуемые образцы около 1 мин при температуре
100

C или добавить к образцу раствор натрия гидроксида до получения

концентрации 0,1 М раствора и выдержать около 5-10 мин при комнатной
температуре или при температуре 37

В качестве маркеров для одноцепочечных ДНК возможно использование

фрагментов двухцепочечных ДНК с известными размерами, подвергнутых
денатурации при высокой температуре, а также коммерческих одноцепочечных
маркеров.