Невосстанавливающие условия

Однако, наличие у полипептида радикалов типа N- или O-связанных

гликозидов оказывает существенное влияние на оценку молекулярной массы
белка, поскольку SDS не связывается с углеводной частью молекулы так же,
как с полипептидной. Таким образом, пропорциональность отношения «заряд
к массе» не выдерживается и электрофоретическая подвижность белков,
подвергшихся посттрансляционным модификациям, не является истинным
отражением молекулярной массы полипептидной цепи.

Восстанавливающие условия

Трехмерная структура белков часто поддерживается за счет

дисульфидных  связей.  Цель  анализа  SDS-ПААГ  в  восстанавливающих
условиях состоит в том, чтобы разрушить эту структуру путем расщепления
дисульфидных  связей.  Денатурация  и  дезагрегация  белков  заключается  в
обработке  их  2-меркаптоэтанолом  или  дитиотреитолом  (DTT),  в  результате
которой происходит разрыв S-S связей, разворачивание полипептидной цепи
и  последующее  связывание  с  SDS.  В  этих  условиях  молекулярная  масса
полипептидных  субъединиц  может  быть  рассчитана  методом  линейной
регрессии при использовании подходящих стандартов молекулярных масс.

Невосстанавливающие условия

Без обработки восстанавливающими агентами типа 2-меркаптоэтанола

или DTT дисульфидные ковалентные связи остаются неповрежденными и
разделения

на

полипептидные

субъединицы

не

происходит.

Невосстановленные  белки  не  могут  полностью  насыщаться  SDS  и,
следовательно,  не  могут  связывать  детергент  в  постоянном  массовом
отношении.  Это  делает  определение  молекулярных  масс  этих  молекул
методом SDS-ПААГ менее стандартизованным, чем исследование полностью
денатурированных  полипептидов.  Однако,  выявление  одной  полосы  в  таком
геле (т.е. отсутствие любых компонентов, отличных от основного компонента)
является показателем чистоты белка.

Электрофорез белков в полиакриламидных гелях с натрия

додецилсульфатом (SDS-PAGE), как правило, проводится в неоднородной