background image

% агарозы  0,3 

0,5 

0,6 

0,7 

0,8 

0,9 

1,0 

1,2 

1,5 

2,0 

Размер ДНК 
[kbp] 

5-60  1-30  1-20  0,8-12  0,6-10  0,5-8  0,5-7  0,4-6  0,2-3  0,1-2 

 

[kbp] – 1000 пар оснований ДНК  

Нижний  предел  размеров  ДНК  определяется  в  основном  диффузией 

полосы  в  геле.  В  гелях  с  низкой  концентрацией  агарозы  фрагменты  ДНК 
небольших размеров разделяются, но четкость разделения полос невысокая. 

Верхний  предел  размеров  ДНК  находится  в  прямой  зависимости  от 

напряженности  электрического  поля,  при  которой  проводится  электрофорез. 
Чем  меньше  напряженность  поля,  тем  более  эффективно  можно  разделить 
длинные молекулы ДНК с большей молекулярной массой. 

Разделение одноцепочечных ДНК 

В  процессе  разделения  в  1%  агарозном  геле  одноцепочечная  ДНК  в 

электрическом поле движется быстрее (примерно на 10 %), чем двухцепочечная 
ДНК того же размера. Однако, одноцепочечная ДНК окрашивается бромистым 
этидием  заметно  слабее,  чем  двухцепочечная  (примерно  в  4-5 раз).  В  связи  с 
этим,  для  получения  окраски  полос  одинаковой  интенсивности,  необходимо 
использовать  примерно  в  5  раз  большее  количество  образца  одноцепочечной 
ДНК. 

Для  разделения  цепей  ДНК  нужно  непосредственно  перед 

электрофорезом  прогреть  испытуемые  образцы  около  1  мин  при  температуре 
100 

o

C  или  добавить  к  образцу  раствор  натрия  гидроксида  до  получения 

концентрации  0,1  М  раствора  и  выдержать  около  5-10  мин  при  комнатной 
температуре или при температуре 37

 o

C. 

В качестве маркеров для одноцепочечных ДНК возможно использование 

фрагментов  двухцепочечных  ДНК  с  известными  размерами,  подвергнутых 
денатурации при высокой температуре, а также коммерческих одноцепочечных 
маркеров. 

3068